此诗的主旨，《毛诗序》说是“乐育才”，朱熹《诗集传》则批评《毛诗序》“全失诗意”，认为“此亦燕饮宾客之诗”。今人多以为是古代女子喜逢爱人之歌。由于诗的境界的空泛性和意象的可塑性，对其内涵可以有不同的开掘和把握。《序》说流传二千多年，影响至巨。人们说起《菁莪》，无不想起“乐育才”。而批评《毛诗序》全失诗意的朱子，在其《白鹿洞赋》中，亦有“广‘青衿’之疑问，乐《菁莪》之长育”的句子。此所谓习用典记，约定俗成者也。对诗的主题，不同的理解可以并存，似不必存此没彼。这首诗的主题，爱情说更有道理，证据之一是人们公认为《小雅》中典型描写男女相悦之情的《小雅·隰桑》篇，同《菁莪》不论章法、句式都非常相似；前三章中“既见君子”句式一般无二，第四章都变换声调，各自成章。
此诗前三章都以“菁菁者莪”起兴，也可以理解成记实，然不必过于拘泥，因“在彼中阿”、“在彼中沚”、“在彼中陵”的植物，除了“莪”，当然还有很多，举一概之而已。第一章，女子在莪蒿茂盛的山坳里，邂逅了一位性格开朗活泼、仪态落落大方、举止从容潇洒的男子，两人一见钟情，在女子内心深处引起了强烈震颤。第二章写两人又一次在水中沙洲上相遇，作者用一个“喜”字写怀春少女既惊又喜的微妙心理。第三章，两人见面的地点从绿荫覆盖的山坳、水光萦绕的小洲转到了阳光明媚的山丘上，暗示了两人关系的渐趋明朗化。“锡我百朋”一句，写女子见到爱人后不胜欣喜，高兴到胜过受赐百朋的程度。第四章笔锋一转，以“泛泛杨舟”起兴，象征两人在人生长河中同舟共济、同甘共苦的誓愿。不管生活有顺境，有逆境，只要时时有恋人相伴，女子永远觉得幸福。
这首诗虽然只有短短十六句，但把一个美妙动人的爱情故事表现得引人入胜。和《秦风·蒹葭》相比，《蒹葭》在水乡泽国的氛围中有一缕渺远空灵、柔婉缠绵的哀怨之情，把一腔执着、艰难寻求但始终无法实现的惆怅之情，寄托于一派清虚旷远、烟水濛濛的凄清秋色之中。而《菁莪》处处烘托着清朗明丽的山光和灵秀迷人的水色，青幽的山坡，静谧的水洲，另是一番情致。两首诗可谓珠联璧合，各有千秋。如此绝妙的天地里，一对有情人相遇相识、相偎相依，此情此景，真令人如饮醇醪，心神俱醉。
菁菁者莪原文
菁菁者莪，在彼中阿。既见君子，乐且有仪。
菁菁者莪，在彼中沚。既见君子，我心则喜。
菁菁者莪，在彼中陵。既见君子，锡我百朋。
泛泛杨舟，载沉载浮。既见君子，我心则休。